Yükseköğretim Şurası Başkanlığı koordinatörlüğünde yürütülen Bölgesel Kalkınma Odaklı Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Programı ile üniversiteler kalkınmaya dayanak sağlıyor. Programa 2006 daha sonrası kurulan yükseköğretim kurumları dahil ediliyor ve kapsama alınacak üniversiteler, bölgede öne çıkan faaliyetler doğrultusunda belirleniyor. Şu ana kadar programa dahil edilen üniversitelerden Bingöl Üniversitesi, tarım ve havza bazlı kalkınma; Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi, Muş Alpaslan Üniversitesi hayvancılık; Düzce Üniversitesi, sıhhat ve etraf; Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi, tarım ve jeotermal; Uşak Üniversitesi, dokumacılık, dericilik ve seramik; Aksaray Üniversitesi, sıhhat ve spor; Kastamonu Üniversitesi, tabiat turizmi ve ormancılık; Rize Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, çay; Hitit Üniversitesi, makine ve imalat teknolojileri konusunda çalışıyor.